Com R$14,7 milhões, o Eixo II conduz o legado técnico da Funatura em áreas protegidas, fortalecendo o esforço de conservação na escala da paisagem e o monitoramento de espécies-chave nos biomas ameaçados Cerrado e Pantanal. O foco nesses biomas é estratégico, dada sua alta biodiversidade e elevado grau de ameaça, exigindo ações urgentes para o cumprimento das Metas 2030 do Marco Global da Biodiversidade (GBF).

Este eixo é a espinha dorsal da contribuição da Funatura para a Meta 3 do GBF (30×30): a conservação de 30% da terra e águas. O investimento concentra-se em garantir que a expansão da malha de conservação seja não apenas quantitativa, mas qualitativa, focando na eficácia de manejo e na governança territorial integrada. A Funatura também investe em monitoramento corporativo e científico, fortalecendo a base de conhecimento necessária para a gestão adaptativa.

A Funatura também reforça a governança territorial, com o reconhecimento e implementação de Mosaicos de Áreas Protegidas, atuando na realização de estudos técnicos, estratégicos para superação de gargalos históricos para o fortalecimento da gestão em unidades de conservação.